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| Issue |
Genet. Sel. Evol.
Volume 32, Number 1, January-February 2000
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|---|---|---|
| Page(s) | 23 - 40 | |
| DOI | https://doi.org/10.1051/gse:2000104 | |
DOI: 10.1051/gse:2000104
Genet. Sel. Evol. 32 (2000) 23-40
Genetic improvement of laying hens viability using survival analysis
Vincent Ducrocqa - Badi Besbesb - Michel Protaisc
aInstitut national de la recherche agronomique,
Station de génétique quantitative et appliquée, 78352 Jouy-en-Josas Cedex, France
bHubbard-ISA Centre de Sélection, BP 27, 35220 Chateaubourg, France
cHubbard-ISA, Le Foeil, 22800 Quintin, France
(
Abstract:
The survival of about eight generations of a large strain of laying hens was
analysed separating the rearing period (RP) from the production period (PP),
after hens were housed.
For RP (respectively PP), 97.8% (resp., 94.1%) of the 109160 (resp., 100665)
female records were censored after 106 days (resp., 313 days) on the average. A Cox proportional
hazards model stratified by flock (= season) and including a hatch-within-flock (HWF) fixed effect
seemed to reasonably fit the RP data. For PP, this model could be further simplified to a
non-stratified Weibull model. The extension of these models to sire-dam frailty (mixed) models
permitted the estimation of the sire genetic variances at 0.261 
0.026 and 0.088
0.010
for RP and PP, respectively. Heritabilities on the log scale were equal to 0.48 and 0.19.
Non-additive genetic effects could not be detected. Selection was simulated by evaluating all
sires and dams, after excluding all records from the last generation. Then, actual parents of this
last generation were distributed into four groups according to their own pedigree index. Raw
survivor curves of the progeny of extreme parental groups substantially
differed (e.g., by 1.7% at 300 days for PP), suggesting that selection based
on solutions from the frailty models could be efficient, despite the very
large proportion of censored records.
0.026 and 0.088
0.010
for RP and PP, respectively. Heritabilities on the log scale were equal to 0.48 and 0.19.
Non-additive genetic effects could not be detected. Selection was simulated by evaluating all
sires and dams, after excluding all records from the last generation. Then, actual parents of this
last generation were distributed into four groups according to their own pedigree index. Raw
survivor curves of the progeny of extreme parental groups substantially
differed (e.g., by 1.7% at 300 days for PP), suggesting that selection based
on solutions from the frailty models could be efficient, despite the very
large proportion of censored records.
Keywords:
survival analysis / viability / laying hens / selection
Résumé:
Amélioration génétique de la viabilité des poules pondeuses à partir
d'une analyse de survie.
Les données de survie d'environ huit générations d'une souche de grande taille
de poules pondeuses ont été analysées en séparant la période d'élevage (PE) de
la période de production (PP) après la mise en cage des poules.
Pour PE (respectivement PP), 97,8 % (resp., 94,1 %) des 109160 (resp., 100665)
performances femelles étaient censurées, après en moyenne 106 jours (resp., 313 jours).
Un modèle à risques proportionnels de Cox stratifié par cheptel et incluant un
effet fixé du lot de naissance intra cheptel semble décrire raisonnablement
bien les données de la PE. Pour la PP, ce modèle peut être encore simplifié en
un modèle de Weibull non stratifié.
En étendant ces modèles à des modèles de fragilité (modèles mixtes) père-mère,
les variances génétiques " pères " ont été estimées à 0,261
0,026 et
0,088
0,010 pour PE et PP respectivement (soit des héritabilités sur
l'échelle logarithmique de 0,48 et 0,19). Il n'a pas été possible de
détecter des effets génétiques non additifs. Une sélection a été simulée en
évaluant tous les animaux parents, après avoir exclu les enregistrements de la
dernière génération. Ensuite, les parents de cette dernière génération ont été
répartis en quatre groupes suivant leur propre valeur génétique sur ascendance.
Les courbes de survie brutes des descendants des groupes parentaux extrêmes
diffèrent substantiellement (par exemple, de 1,7 % à 300 jours pour PP).
Ceci suggère clairement qu'une sélection basée sur les solutions des modèles de
fragilité pourrait être efficace, malgré la proportion très élevée de données
censurées.
0,026 et
0,088
0,010 pour PE et PP respectivement (soit des héritabilités sur
l'échelle logarithmique de 0,48 et 0,19). Il n'a pas été possible de
détecter des effets génétiques non additifs. Une sélection a été simulée en
évaluant tous les animaux parents, après avoir exclu les enregistrements de la
dernière génération. Ensuite, les parents de cette dernière génération ont été
répartis en quatre groupes suivant leur propre valeur génétique sur ascendance.
Les courbes de survie brutes des descendants des groupes parentaux extrêmes
diffèrent substantiellement (par exemple, de 1,7 % à 300 jours pour PP).
Ceci suggère clairement qu'une sélection basée sur les solutions des modèles de
fragilité pourrait être efficace, malgré la proportion très élevée de données
censurées.
Mots clé :
analyse de survie / viabilité / poules pondeuses / sélection
Correspondence and reprints: Vincent Ducrocq
ducrocq@dga.jouy.inra.fr
Copyright INRA, EDP Sciences