Issue |
Genet. Sel. Evol.
Volume 32, Number 6, November-December 2000
|
|
---|---|---|
Page(s) | 547 - 560 | |
DOI | https://doi.org/10.1051/gse:2000136 |
Genet. Sel. Evol. 32 (2000) 547-560
Selective genotyping for QTL detection using sib pair analysis in outbred populations with hierarchical structures
Dimitrios G. Chatziplisa, b and Chris S. Haleyaa Roslin Institute (Edinburgh), Roslin, Midlothian, EH25 9PS, United Kingdom
b Present address: Ross Breeders Ltd, Newbridge Midlothian, EH28 8SZ Scotland, United Kingdom
(Received 31 January 2000; accepted 13 July 2000)
Abstract
A simulation study illustrates the effects of the inclusion of
half-sib pairs as well as the effects of selective genotyping on
the power of detection and the parameter estimates in a sib pair
analysis of data from an outbred population. The power of QTL
detection obtained from samples of sib pairs selected according to
their within family variance or according to the mean within family
variance within half sib family was compared and contrasted with the
power obtained when only full sib pair analysis was used. There was
an increase in power (4-16% ) and decrease in the bias of parameter
estimates with the use of half-sib information. These improvements in
power and parameter estimates depended on the number of the half sib
pairs (half sib family size). Almost the same power as that obtained using
all the available sib pairs could be achieved by selecting only
50-60% the animals. The most effective method was to select both
full and half sib pairs on the basis of high within full sib family
variance for the trait in question. The QTL position estimates were
in general slightly biased towards the center of the chromosome and
the QTL variance estimates were biased upwards, there being quite large
differences in bias depending on the selection method.
Résumé
Génotypage sélectif pour la détection des QTL par l'analyse de fratries dans
des populations non consanguines à structures familiales.
Cette étude par simulation a porté sur les effets de l'inclusion des
paires de demi-frères et du génotypage sélectif sur la puissance de
détection des QTL et l'estimation de leur position et de leur variance
dans des populations non consanguines et à structure familiale de germains
et demi-germains. On a calculé la puissance de détection des QTL dans
l'analyse des paires de demi-frères sélectionnés en fonction de leur
variance intra-famille, et on l'a comparée à celle obtenue quand seulement
des paires de germains étaient utilisées. Quand l'information sur les
demi-frères a été incluse, on a observé une augmentation de la puissance
de détection (4-16 % ) et une diminution du biais de l'estimation des
paramètres. Ces améliorations dépendaient du nombre de paires de demi-frères
(taille des familles). Ainsi, en incluant les demi-frères, on atteignait
sensiblement le même pouvoir de détection avec 40-50% d'animaux
en moins que pour l'analyse à partir des germains seulement. La méthode
la plus efficace a consisté à analyser conjointement des frères et des
demi-frères provenant de familles avec une grande variance pour le caractère
étudié. Les estimations des positions de QTL étaient légèrement biaisées
en direction du milieu du chromosome, alors que celles de la variance des
QTL étaient surestimées. Ces biais différaient fortement selon la méthode
de sélection des données utilisée.
Key words: selective genotyping / QTL detection / sib pair analysis / outbred populations
Mots clés : génotypage sélectif / QTL / germains / population ouverte
Correspondence and reprints: Dimitrios G. Chatziplis; e-mail: dimitrios_chatziplis@rossbr.com
© INRA, EDP Sciences 2000