DOI: 10.1051/gse:2000113
Genet. Sel. Evol. 32 (2000) 187-203
Genetic diversity of eleven European pig breeds
Guillaume Lavala - Nathalie Iannuccellia -
Christian Legaultb - Denis Milana - Martien A.M. Groenenc -
Elisabetta Giuffrad - Leif Anderssond - Peter H. Nissene -
Claus B. Jørgensene - Petra Beeckmannf - Hermann Geldermannf
- Jean-Louis Foulleyb - Claude Chevaleta
- Louis Ollivierb
aLaboratoire de génétique cellulaire, Institut national de la
recherche agronomique, BP 27, 31326 Castanet-Tolosan Cedex, France
bStation de génétique quantitative et appliquée, Institut national
de la recherche agronomique, 78352 Jouy-en-Josas Cedex, France
cWageningen Institute of Animal Science, Wageningen Agricultural
University, Wageningen, The Netherlands
dDepartment of Animal Breeding and Genetics, Swedish University
of
Agricultural Sciences, Uppsala, Sweden
eDivision of Animal Genetics, the Royal Veterinary and Agricultural
University, Copenhagen, Denmark
fDepartment of Animal Breeding and Biotechnology, Universität Hohenheim,
Stuttgart, Germany
(Received 8 July 1999; accepted 14 January 2000)
Abstract:
A set of eleven pig breeds originating
from six European countries, and including a small sample of wild pigs, was
chosen for this study of genetic diversity. Diversity was evaluated on the
basis of 18 microsatellite markers typed over a total of 483 DNA samples
collected. Average breed heterozygosity varied from 0.35 to 0.60. Genotypic
frequencies generally agreed with Hardy-Weinberg expectations, apart from the
German
Landrace and
Schwäbisch-Hällisches breeds,
which showed significantly reduced heterozygosity. Breed differentiation was
significant as shown by the high among-breed fixation index (overall

), and confirmed by the clustering based on the genetic distances between
individuals, which grouped essentially all individuals in 11 clusters
corresponding to the 11 breeds. The genetic distances between breeds were
first used to construct phylogenetic trees. The trees indicated that a genetic
drift model might explain the divergence of the two German breeds, but no
reliable phylogeny could be inferred among the remaining breeds. The same
distances were also used to measure the global diversity of the set of breeds
considered, and to evaluate the marginal loss of diversity attached to each
breed. In that respect, the French
Basque breed appeared to be the
most ``unique'' in the set considered. This study, which remains to be
extended to a larger set of European breeds, indicates that using genetic
distances between breeds of farm animals in a classical taxonomic approach may
not give clear resolution, but points to their usefulness in a prospective
evaluation of diversity.
Keywords:
genetic diversity /
molecular marker / conservation / pig / European breed
Résumé:
Diversité génétique de onze races porcines
européennes. Un ensemble de onze races porcines en provenance de six pays
européens, et incluant un petit échantillon de sangliers, a été choisi pour
une étude de diversité génétique. Cette diversité a été évaluée sur la base de
18 marqueurs microsatellites typés sur un total de 483 échantillons d'ADN. Les
races étudiées manifestent un taux d'hétérozygotie allant de 0,35 à 0,60. Les
locus sont en équililibre de Hardy-Weinberg à l'exception du cas des races
allemandes
Landrace et
Schwäbisch-Hällisches, qui
manifestent un déficit d'hétérozygotes. L'indice de différenciation entre
races est élevé (

global de 0,27) et les distances génétiques entre
individus permettent de les regrouper pratiquement en 11 ensembles
distincts, correspondant aux 11 races considérées. Les distances génétiques
entre races ont d'abord été utilisées pour construire des arbres
phylogénétiques. Ces arbres suggèrent qu'un modèle de dérive génétique
pourrait expliquer la divergence des deux races allemandes, mais aucune
phylogénie fiable n'a pu être établie entre les races restantes. Les mêmes
distances ont ensuite été utilisées pour mesurer la diversité génétique
globale de l'ensemble et évaluer la perte marginale de diversité associée à
chacune des races étudiées. De ce point de vue, la race française
Basque
apparaît comme la plus originale dans l'ensemble considéré. Cette étude, qui
reste à étendre à un plus grand nombre de races européennes, indique que
l'utilisation des distances entre races animales domestiques dans une
approche taxonomique classique risque d'avoir un faible pouvoir de
résolution, mais elle souligne l'intérêt de les utiliser plutôt pour des
évaluations prospectives de diversité.
Mots clé :
diversité génétique / marqueur moléculaire / conservation /
porc / race européenne
Correspondence and reprints: Guillaume Laval
glaval@toulouse.inra.fr
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